纤维连接蛋白原料的质量控制至关重要，直接关系到其在下游应用中的效果和安全性。在纯度方面，通过高效液相色谱（HPLC）、聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）等技术，检测原料中纤维连接蛋白的纯度，要求其纯度通常达到 95% 以上甚至更高，以确保去除其他杂质蛋白和污染物的干扰。​

结构完整性也是关键指标，利用圆二色谱（CD）、质谱等技术分析纤维连接蛋白的二级结构和氨基酸序列，保证其结构未发生变性或修饰。生物活性检测是评估纤维连接蛋白原料质量的核心环节，采用细胞黏附实验、细胞迁移实验等生物学方法，检测纤维连接蛋白促进细胞黏附和迁移的能力，确保其生物活性符合规定标准。同时，对于微生物限度、内毒素含量等安全性指标也有严格要求，通过微生物培养检测和鲎试剂法等方法，控制微生物污染和内毒素水平，防止在应用过程中引发不良反应。行业内制定了一系列针对纤维连接蛋白原料的质量标准，生产企业需严格按照标准进行生产和质量检测，保障产品质量的稳定性和可靠性。